Met name de Boskoopse kwekers zagen het belang van een spoorlijn. Het was een middel om hun producten snel te vervoeren. De drooggemaakte Haarlemmermeerpolder bood ruimte voor de aanleg van diverse trajecten. Plannen waren er te over. Zo wilde de burgemeester van Haarlemmermeer J.P. Amersfoordt een aantal lokale spoorlijnen laten aanleggen, waaronder een traject Alphen-Gouda. Omdat bij de aanleg van de lijn Gouda-Schoonhoven echter was gebleken dat de grondtoestand verre van optimaal was, werden de plannen voorlopig uitgesteld. Bovendien kreeg de voltooiing van de Haarlemmermeerspoorlijn Alphen-Uithoorn voorrang. Een later plan met de inzet van gastrams tussen Boskoop en Gouda vond ook geen doorgang
De Staatsspoorwegen lieten vanaf het begin van de twintigste eeuw toch onderzoek doen naar de mogelijkheden van de lijn. Een belangrijke vraag was of de nieuwe lijn langs de oostzijde of de westzijde van de Gouwe moest gaat lopen. De keus viel op de westzijde. Voor de Boskoopse kwekers die aan de oostzijde van de rivier wonen, moest ter compensatie een haven komen.
In 1918 sloot het Rijk een overeenkomst met de Staatsspoorwegen. De plannen leken eindelijk van de grond te komen, tot de gemeente Waddinxveen zich in de jaren twintig plots fel verzette tegen de aanleg van de lijn. De gemeente dacht dat de lijn niet rendabel zou zijn vanwege de opkomst van de autowegen. Zelfs de Staatsspoorwegen deelden deze mening. De gemeenten Boskoop, Alphen en Gouda bleven pleiten vóór de aanleg en ook in Waddinxveen werd een actiegroep opgericht. In 1927 stemde de Waddinxveense gemeenteraad eindelijk toe, met één stem verschil. Ook bij de aanleg van deze lijn is meer zand nodig dan in eerst instantie was berekend. Bovendien moet drie kilometer spoordijk anderhalve meter worden verhoogd.
In 1934 kon de lijn feestelijk worden geopend. De lijn kreeg meer reizigers te verwerken dan verwacht. Een bloemententoonstelling in gebouw Flora in 1935 zorgde voor een enorme toeloop per trein. Maar zoals werd gevreesd, werd de lijn niet winstgevend. Toen de Nederlandse Spoorwegen in 1950 negen onrendabele lijnen sloot, leek ook het einde voor Alphen-Gouda nabij. Het groeiend aantal forensen, het besef van de maatschappelijke waarde van het openbaar vervoer, het ontreken van een alternatieve verbindingsweg tussen Boskoop en Alphen en ook de komst van vogelpark Avifauna zorgden voor een ommekeer. In de jaren zeventig werd een halfuurdienst ingevoerd en opende station Waddinxveen-Noord. De onrendabele lijn werd een belangrijke schakel in het spoorwegnet.
In de jaren vijftig werden de dieseltreinen ingeruild voor een elektrisch net. Sinds 2002 rijdt op het traject de zogenoemde lightrail. De lijn Gouda-Alphen is de voorhoede van RijnGouwelijn. Op het huidige traject komt een aantal extra stations. De lijn wordt doorgetrokken naar Leiden, Katwijk een Noordwijk. Zo moet vanaf 2010 de kust vanaf het Groene Hart eenvoudig te bereiken zijn.
Literatuur: