Aan het einde van de negentiende eeuw kwam als gevolg van de industriële revolutie een einde aan het gebruik van windmolens met toepassingen voor de industrie. In het bijzonder gold dat voor pelmolens, oliemolens en houtzaagmolens. Het gebruik van stoom was bedrijfszekerder en verdreef de van de aanwezigheid van wind afhankelijke molen. Korenmolens bleven vooralsnog volop in gebruik. Afgedankte windmolens werden daarom nogal eens verplaats of kregen een ander leven. Zo is de in de Zaanstreek gebouwde pelmolen “De Twee Gebroeders” een tweede leven begonnen als korenmolen “De Eendracht” in Alphen.
De Alphense korenmolen werd in 1535 of 1536 gebouwd aan de rivier de Gouwe. De toename van het scheepvaartverkeer door de Gouwe leidde er toe dat die rivier aan het einde van de negentiende eeuw moest worden verbreed. Ook de kaden werden versterkt. De bebouwing aan de oevers moest daarvoor worden afgebroken. Ook de korenmolen, die eerst de naam “Het Fortuin” en later de naam “De Eendragt” droeg, werd in 1898 onteigend en afgebroken en begon waarschijnlijk zijn tweede (en laatste) leven als poldermolen van de Winsummer- en Bellingweerster Meeden.
De pelmolen “De Twee Gebroeders” werd gebouwd in 1752 en werd in Alphen de opvolger van de afgebroken korenmolen, die nu verrees aan de Oude Rijn. Het staande werk van de molen werd opgericht bovenop een achtkantige gemetselde onderstelling met een diameter van elf meter. De opdrachtgever tot de bouw van de molen was de molenaar Matthijs Dam, afkomstig uit een familie van korenmolenaars. Thijs Dam was een gedreven molenaar en stond aan de wieg van de Algemeene Nederlandsche Molenaarsbond, die in 1898 opgericht werd. Naar verluidt was de naamgeving van de Alphense korenmolen De Eendracht, een oproep aan zijn vakgenoten om de handen ineen te slaan en zich in te zetten voor het molenaarsvak. Dam liet bij de molen een stoommachine van twintig PK bouwen om bij windstil weer toch te kunnen werken. In 1916 werd de stoommachine vervangen door een elektromotor van twaalf PK.
In 1922 werd de molen eigendom van Gijsbert Walraven, eveneens afkomstig uit een familie van korenmolenaars. Hij betaalde voor de molen met erf en schuur en het woonhuis 32.000 gulden. Ook Walraven breidde het bedrijf uit. Hij liet in 1930 bij de molen een groot pakhuis aan de Rijn bouwen. Ook werd de molen gemoderniseerd door het “verdekkeren” van de wieken. Hierbij werden de roeden gestroomlijnd met zinken platen waardoor het vermogen van de molen meer dan verdubbelde. De benaming “verdekkeren” was afkomstig van de molenbouwer A.J. Dekker, die het systeem ontwikkelde. Een stap terug in de modernisering was het buiten bedrijf stellen van de elektromotor tengevolge van een meningsverschil over de prijs van electriciteit. In de plaats daarvan werd een Industriedieselmotor gekocht van de nabijgelegen motorenfabriek van D. en Joh. Boot. Hoewel aanvankelijk drie zoons van Gijsbert in de molen werkten, bleef uiteindelijk de oudste over, Bram Walraven. In de loop van de jaren vijftig werd het malen op windkracht voor Gijsbert en Bram Walraven te bewerkelijk. Ze besloten daarom in 1954 te stoppen met het windmalen. Na het overlijden van Gijsbert in 1958 bleef Bram de motormaalderij nog zes jaar voortzetten, waarna een einde kwam aan het bedrijf. Bij een stilstaande molen slaat het verval snel toe. In de jaren zestig ging de toestand van de molen zienderogen achteruit.
In 1971 kocht de gemeente Alphen aan den Rijn de molen met pakhuizen en woonhuis voor ruim 100.000 gulden. De restauratie werd op eenzelfde bedrag begroot. Onderzoek leidde echter tot de constatering dat de restauratie aanzienlijk duurder zou worden. De restauratie die in de jaren 1973-1974 door molenmaker P. van Beek uit Rijnsaterwoude werd uitgevoerd, kostte uiteindelijk bijna 200.000 gulden. Om de molen in goede conditie te houden is het noodzakelijk dat er wordt gemalen. Om dit te bewerkstelligen werd in 1997 een stichting opgericht met als doelstelling gegadigden in de gelegenheid te stellen een opleiding tot vrijwillig molenaar te volgen en de molen van voldoende maalgoed te voorzien.
De molen heeft een stellinghoogte van 11 meter en een vlucht (lengte van de roeden) van 23.70 meter. De molenromp is gedekt met leien en de kop met zinken beplating in de vorm van leien. De molen is voorzien van drie koppels maalstenen.