In1662 kon men een nieuw gebouw in gebruik nemen, maar het bleek bij de bouw hoger te zullen worden dan de Gereformeerde kerk. Volgens de overlevering werd dit verboden, evenals het gebruik van kerkramen en leien op het dak. Zo ontstond een min of meer wanstaltig gebouw, dat in de volksmond ?het Pannendak" heette. In 1807 werd het wegens bouwvalligheid vervangen door een gebouw er naast. Doch ook dit voldeed niet en in juli 1836 verrees een nieuwe kerk aan de Goukade, nu Zuidkade. Op nr. 59 staat een bescheiden, maar zeer fraai kerkgebouw. Het is een semi-schuilkerk (achter geschoven lindebomen). De eerste steen werd gelegd door F.H.J. van Vollenhoven, een voorzaat van Mr. Pieter van Vollenhoven, die de kerk na de algehele restauratie in 1987 opnieuw in gebruik stelde. De huidige rijwielhandel aan de Gouwe heeft vroeger dienst gedaan als pastorie.
In 1795 telde de Remonstrantse Gemeente 180 zielen, waaronder 81 lidmaten. Dit aantal is langzaam gedaald: In 1927 woonden er nog 100 Remonstranten in Waddinxveen.
Onder de predikanten dienen genoemd te worden: Jan van Galen, die als jonge Arminiaan de ?remonstrantie? van 1610 te Gouda medeondertekende en (veel later) Gijsbert van Leeuwen, die in 1787 zijn gemeente moest verlaten na de nederlaag der Patriotten.
Het interieur van de kerk is geheel oorspronkelijk. Het gebouw is gebouwd in de Empirestijl, de lichtornamenten zijn vermoedelijk Jugendstil en later aangebracht. De uit Frans eiken bestaande preekstoel dateert van ca. 1780 en is ter vermijding van kleurverschillen geheel geschilderd en van houtnerf voorzien. De zitbanken zijn eveneens 'gehout', maar dan in wortelessen. De bordjes naast de preekstoel zijn uit 1764 en hebben naar opschrift te maken met de toenmalige liturgievorm. Het uit het einde 17e, begin 18e eeuw stammende Avondmaalzilver is van oudsher in het bezit van de gemeente; de doopvont is midden 19e eeuws. De orgelgalerij wordt gedragen door twee 'marmeren' kolommen onder een 'marmeren' rand. Maar??schone schijn bedriegt: het is hout dat geschilderd is, zoals in die tijd gebruikelijk was.
Auteur: drs. H.M. van der Linde
Archieven: