De in 1619 afgebrande kerk van Alphen dateerde uit het midden van de vijftiende eeuw. In die periode werd het toen al bestaande kerkgebouw geheel vernieuwd. De kerk was vanouds gewijd aan de evangelieprediker Sint Bonifatius.
Het Alphense kerkgebouw was een gotisch kruiskerkje, waarvan het dwarsschip aanmerkelijk smaller was dan het schip. Op de kruising stond een kleine dakruiter. De vierkante gemetselde toren stond aan de polderzijde voor het schip en was van geringe hoogte. Bovenop was een gemetselde balustrade en een korte spits. De kerk stond georiënteerd naar het zuiden, zij het met een afwijking van 18°. Het koor van de kerk wees naar het hart van Alphen: de brug over de Rijn. Hoewel delen van het kerkgebouw wellicht ouder waren, dateerde de Oude kerk uit het midden van de vijftiende eeuw toen een grote vernieuwing heeft plaatsgehad. Naar de jongste inzichten stond het oude Romeinse castellum net ten noorden van de kerk.
De bijbehorende pastorie stond in de Papenstraat (nu Castellumstraat). Schuin tegenover de kerk, ten noorden van de Bruggestraat, aan de doorgaande Dorpsstraat, waren de dorpsherberg "Sint Joris" en het "Huis Te Leeuwen" waar de schout zetelde.
Tijdens het beleg van Leiden, in januari 1574, haalden de Spanjaarden de drie klokken en al het ijzerwerk, zelfs de muurankers, uit de toren. Het interieur van de kerk onderging een decennium later verandering door de invoering van de Nieuwe Leer, het protestantisme. Het ontmantelen van de toren had in 1580 akelige consequenties: in april stortte de toren plotseling in. Volgens de overlevering nadat organist en schoolmeester Mattheüs Evertsz van Heijningen tot genoegen van zijn vrienden vol overgave enige psalmen gespeeld had (orthodoxe calvinisten noemden het kerkorgel niet voor niets 'des duyvels doedelsack'), maar van een oorzakelijk verband is wellicht geen sprake geweest.
Een stads- of dorpsbrand vormt in de cultuurgeschiedenis vaak een breuk die generaties lang voortleeft. Zo ook in Alphen: op 19 mei 1619, het was Pinksteren, vloog de oliepelmolen ten noorden van de Rijnsteeg in brand. Het vuur vernietigde daarop het oude schoutenhuis aan de zuidkant van de molen, de huizen ten westen van de Dorpsstraat en die ten noorden van de Papenstraat. Daarna gingen in het dorpsinferno de school, de pastorie en grotendeels ook de kerk ten onder. Het hart van het dorp Alphen was eruit gerukt. Vrijwel alle papieren van de burgerlijke en van de kerkelijke overheid verzengden in het vuur.
Alphen was geslagen, maar met vereende krachten ging men aan de wederopbouw. Met financiële steun van 's lands overheid, van de buurgemeenten en vooral van de eigen inwoners poogde men de ramp te overwinnen. In de kerkruïne werden de diensten provisorisch voortgezet.
In 1620 kwam de nieuwe pastorie gereed, deze was gebouwd door meester-timmerman Hendrik Willemsz (van) Muijen. Op 2 maart 1622 werd de herbouw van de kerk aanbesteed en twee jaar later was het vernieuwde gebouw gereed, zij het dat het leiendak pas in 1628 voltooid werd.
(H.J. Habermehl)
Voor de bouw van de Mallegatsluis te Gouda in 1582 werden oa. 43100 moppen van de Alphense kerkmeester Gerrit Dircxsz. gekocht (per 1000 om 36 stuivers) die kwamen van de kerktoren daar